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黑臉琵鷺面臨的威脅
黑臉琵鷺在各地都受到不同的威脅，包括填海、海岸發展、污染、捕獵和人為干擾等，當中相信生境消失是這鳥種所面對的最大威脅。
填海及人工造地 對黑臉琵鷺的影響最大。例如在澳門路環和氹仔之間的一片曾錄得全球超過百分之 5 的黑臉琵鷺的濕地，已受到填海工程、即將興建的基建及運動設施、電影城、賭場等影響。日本諫早有明海的一片潮間帶自 1997 年間因建造水堤而乾涸。 90 年代中，南韓建造仁川國際機場，將三木島及永宗島的濕地填平。在中國有學者指出， 1949 年以後已有約 22 萬平方公里的潮間帶（約佔海岸潮間帶總面積的五成）被填去。
經濟發展及設施建設 促使很多沿海地區的濕地改造成水產養殖場、種植場及工業村等，類似的情況可見於香港、廣西、海南和越南。在廣東，隨著深圳經濟特區的發展，位於后海灣魚塘被填去，福田國家級自然保護區的紅樹林面積已縮窄至海岸北面。未來將會興建的西部走廊將橫跨深圳蛇口和香港后海灣。
污染 對越冬的黑臉琵鷺有嚴重的威脅。例如香港、深圳和中國大陸工業和住宅廢料，影響牠們越冬。台南曾文溪口去年 12 月發生的肉毒桿菌事件，已導致超過 70 隻琵鷺死亡，約佔全球總數百分之 7 。在越南紅河三角洲的水稻田，農民過量使用殺蟲劑，隨水排放至濕地範圍。
捕獵 威脅著中國及越南的種群。在中國遼寧省，有漁民在琵鷺的繁殖地採集鳥蛋；海南東寨港自然保護區的核心區仍有琵鷺被射殺。 1992 年底在台南七股，有黑臉琵鷺被槍殺，相信是因為當地人不滿該地有瀕危鳥種出現，影響填海發展進行。在越南紅河三角洲有琵鷺被霧網或氣槍捕捉、射殺。
人為干擾 也是其中一項重要影響。自從海南東寨港和香港尖鼻咀的濕地保育受關注，引來大量遊人湧入，為該區的濕地帶來極大負擔。另外，由於黑臉琵鷺的棲息地與潮間帶重疊，因此，香港的漁民在泥灘上捕捉彈塗魚、越南的漁民撿拾蜆貝、蟹等事情便經常發生，對琵鷺和水鳥構成干擾。